Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "age_type": [],
2
  "age_type": [],
            
3
  "author": "Edoardo Luca Vigan\u00f2",
3
  "author": "Edoardo Luca Vigan\u00f2",
            
4
  "author_email": "edoardo.vigano@marionegri.it",
4
  "author_email": "edoardo.vigano@marionegri.it",
            
5
  "category": [],
5
  "category": [],
            
6
  "cells_number": "",
6
  "cells_number": "",
            
7
  "content": [],
7
  "content": [],
            
8
  "creator_user_id": "56153fff-4293-4f39-9723-fcc904de812a",
8
  "creator_user_id": "56153fff-4293-4f39-9723-fcc904de812a",
            
9
  "culture_medium": [],
9
  "culture_medium": [],
            
10
  "dimension": [],
10
  "dimension": [],
            
11
  "experiment_date": "",
11
  "experiment_date": "",
            
12
  "groups": [],
12
  "groups": [],
            
13
  "id": "011fac9e-86c9-44d5-b5f9-96cfaa15ce06",
13
  "id": "011fac9e-86c9-44d5-b5f9-96cfaa15ce06",
            
14
  "isopen": false,
14
  "isopen": false,
            
15
  "license_id": "",
15
  "license_id": "",
            
16
  "license_title": "",
16
  "license_title": "",
            
17
  "maintainer": "",
17
  "maintainer": "",
            
18
  "maintainer_email": "",
18
  "maintainer_email": "",
            
19
  "metadata_created": "2024-10-25T12:21:33.884724",
19
  "metadata_created": "2024-10-25T12:21:33.884724",
            
n
20
  "metadata_modified": "2024-10-25T12:21:33.884731",
n
20
  "metadata_modified": "2024-10-25T12:23:13.969762",
            
21
  "model": [],
21
  "model": [],
            
22
  "name": "increase-mitochondrial-dysfunction-cddd2",
22
  "name": "increase-mitochondrial-dysfunction-cddd2",
            
23
  "notes": "Increase Mitochondrial Dysfunction\r\n\r\nIn accordance 
23
  "notes": "Increase Mitochondrial Dysfunction\r\n\r\nIn accordance 
            
24
with the events outlined in the linear AOP framework for 
24
with the events outlined in the linear AOP framework for 
            
25
cardiotoxicity developed in the ALTERNATIVE project, we collected data 
25
cardiotoxicity developed in the ALTERNATIVE project, we collected data 
            
26
from biological assays providing information on the potential toxic 
26
from biological assays providing information on the potential toxic 
            
27
interactions between chemicals and specific biological targets. In 
27
interactions between chemicals and specific biological targets. In 
            
28
this case the endpoint under consideration in the Mitochondrial 
28
this case the endpoint under consideration in the Mitochondrial 
            
29
Dysfunction.\r\n\r\nBinary Endpoint.\r\n\r\nList of the assays 
29
Dysfunction.\r\n\r\nBinary Endpoint.\r\n\r\nList of the assays 
            
30
considered for evaluate mitochondrial dysfunction activity:\r\nAPR 
30
considered for evaluate mitochondrial dysfunction activity:\r\nAPR 
            
31
HepG2 MitoMass 24 h dn, APR HepG2 MitoMass 24 h up, APR HepG2 MitoMass 
31
HepG2 MitoMass 24 h dn, APR HepG2 MitoMass 24 h up, APR HepG2 MitoMass 
            
32
72 h dn, APR HepG2 MitoMass 72 h up, APR HepG2 MitoMembPot 24 h dn, 
32
72 h dn, APR HepG2 MitoMass 72 h up, APR HepG2 MitoMembPot 24 h dn, 
            
33
APR HepG2 MitoMembPot 24 h up, APR HepG2 MitoMembPot 72 h dn, APR 
33
APR HepG2 MitoMembPot 24 h up, APR HepG2 MitoMembPot 72 h dn, APR 
            
34
HepG2 MitoMembPot 72 h up, ATG XTT Cytotoxicity up, TOX21 MMP ratio 
34
HepG2 MitoMembPot 72 h up, ATG XTT Cytotoxicity up, TOX21 MMP ratio 
            
35
down, TOX21 MMP ratio up, TOX21 MMP rhodamine\r\n\r\nAOP source: 
35
down, TOX21 MMP ratio up, TOX21 MMP rhodamine\r\n\r\nAOP source: 
            
36
https://aopwiki.org/events/177\r\n\r\nData curation and data source: 
36
https://aopwiki.org/events/177\r\n\r\nData curation and data source: 
            
37
https://doi.org/10.3390/toxics12010087 ",
37
https://doi.org/10.3390/toxics12010087 ",
            
n
38
  "num_resources": 0,
n
38
  "num_resources": 1,
            
39
  "num_tags": 2,
39
  "num_tags": 2,
            
40
  "organization": {
40
  "organization": {
            
41
    "approval_status": "approved",
41
    "approval_status": "approved",
            
42
    "created": "2023-03-17T17:42:44.917090",
42
    "created": "2023-03-17T17:42:44.917090",
            
43
    "description": "The Mario Negri Institute for Pharmacological 
43
    "description": "The Mario Negri Institute for Pharmacological 
            
44
Research (www.marionegri.it) is a not-for-profit 
44
Research (www.marionegri.it) is a not-for-profit 
            
45
biomedical\r\nresearch organization.\r\nIt was established in Milan in 
45
biomedical\r\nresearch organization.\r\nIt was established in Milan in 
            
46
1961 and later (1984) opened research units in Bergamo, currently 
46
1961 and later (1984) opened research units in Bergamo, currently 
            
47
located at the\r\nKilometro Rosso Science and Technology Park, and 
47
located at the\r\nKilometro Rosso Science and Technology Park, and 
            
48
Ranica (near Bergamo)",
48
Ranica (near Bergamo)",
            
49
    "id": "e50db934-20d8-4a27-80a2-ce67bc4d99db",
49
    "id": "e50db934-20d8-4a27-80a2-ce67bc4d99db",
            
50
    "image_url": "2023-03-17-174244.890524IMNOrizzontaleRGB.png",
50
    "image_url": "2023-03-17-174244.890524IMNOrizzontaleRGB.png",
            
51
    "is_organization": true,
51
    "is_organization": true,
            
52
    "name": "irfmn",
52
    "name": "irfmn",
            
53
    "state": "active",
53
    "state": "active",
            
54
    "title": "IRFMN",
54
    "title": "IRFMN",
            
55
    "type": "organization"
55
    "type": "organization"
            
56
  },
56
  },
            
57
  "owner_org": "e50db934-20d8-4a27-80a2-ce67bc4d99db",
57
  "owner_org": "e50db934-20d8-4a27-80a2-ce67bc4d99db",
            
58
  "private": false,
58
  "private": false,
            
59
  "ratio_hipsccms_hcaecs": "",
59
  "ratio_hipsccms_hcaecs": "",
            
60
  "relationships_as_object": [],
60
  "relationships_as_object": [],
            
61
  "relationships_as_subject": [],
61
  "relationships_as_subject": [],
            
62
  "replicates_number": "",
62
  "replicates_number": "",
            
t
63
  "resources": [],
t
63
  "resources": [
            
64
    {
            
65
      "cache_last_updated": null,
            
66
      "cache_url": null,
            
67
      "created": "2024-10-25T12:23:14.036860",
            
68
      "datastore_active": false,
            
69
      "description": "QSAR ready database for Mitochondrial 
            
70
Dysfunction toxicity.\r\n\r\nlabels: binary endpoint {0: inactive, 1: 
            
71
active}",
            
72
      "format": "CSV",
            
73
      "hash": "",
            
74
      "id": "6d822a80-fcef-4625-8e78-4873528f6f0a",
            
75
      "last_modified": "2024-10-25T12:23:13.946675",
            
76
      "metadata_modified": "2024-10-25T12:23:13.978248",
            
77
      "mimetype": null,
            
78
      "mimetype_inner": null,
            
79
      "name": "Increase_mitochondrial_dysfunction_dataset_CDDD.csv",
            
80
      "package_id": "011fac9e-86c9-44d5-b5f9-96cfaa15ce06",
            
81
      "position": 0,
            
82
      "resource_type": null,
            
83
      "size": 28932502,
            
84
      "state": "active",
            
85
      "url": 
            
86
28f6f0a/download/increase_mitochondrial_dysfunction_dataset_cddd.csv",
            
87
      "url_type": "upload"
            
88
    }
            
89
  ],
            
64
  "size": 0,
90
  "size": 28932502,
            
65
  "state": "draft",
91
  "state": "draft",
            
66
  "tags": [
92
  "tags": [
            
67
    {
93
    {
            
68
      "display_name": "Mitochondrial dysfunction",
94
      "display_name": "Mitochondrial dysfunction",
            
69
      "id": "b6ac39d6-dd68-4012-81ad-3dbf4f6a90b3",
95
      "id": "b6ac39d6-dd68-4012-81ad-3dbf4f6a90b3",
            
70
      "name": "Mitochondrial dysfunction",
96
      "name": "Mitochondrial dysfunction",
            
71
      "state": "active",
97
      "state": "active",
            
72
      "vocabulary_id": null
98
      "vocabulary_id": null
            
73
    },
99
    },
            
74
    {
100
    {
            
75
      "display_name": "cardiotoxicity",
101
      "display_name": "cardiotoxicity",
            
76
      "id": "8ba178e0-bd1e-46ad-aa0b-a1e1c430545b",
102
      "id": "8ba178e0-bd1e-46ad-aa0b-a1e1c430545b",
            
77
      "name": "cardiotoxicity",
103
      "name": "cardiotoxicity",
            
78
      "state": "active",
104
      "state": "active",
            
79
      "vocabulary_id": null
105
      "vocabulary_id": null
            
80
    }
106
    }
            
81
  ],
107
  ],
            
82
  "title": "Increase Mitochondrial Dysfunction",
108
  "title": "Increase Mitochondrial Dysfunction",
            
83
  "toxin": [],
109
  "toxin": [],
            
84
  "type": "dataset",
110
  "type": "dataset",
            
85
  "url": "",
111
  "url": "",
            
86
  "version": "0.2"
112
  "version": "0.2"
            
87
}
113
}